De crypte is een overwelfde ruimte met kruisgewelven, gedragen door gemetselde zuilen. In kloosters werd de crypte traditioneel gebruikt om overleden paters bij te zetten, maar dat was in Nederland niet toegestaan.
In deze crypte worden de zestien jonge paters herdacht die tijdens hun missiewerk in Kongo om het leven kwamen. Zolang de kruisheren hier woonden, brandde er dagelijks een kaarsje voor ieder van hen. De koffer die in de crypte wordt tentoongesteld, ging mee op missie naar Kongo en behoort vermoedelijk tot een van de vermoorde paters.
Tegenwoordig worden in de crypte verschillende objecten en gewaden tentoongesteld, waardoor de ruimte zowel herdenkingsplek als tentoonstellingsruimte is.